کلیدی اوربنیادی امورمیں یہ شعبہ بھی بڑی اہمیت کا حامل ہے ،حضرت اقدس حافظ فضل حقؒ صاحب مدرسہ کے سب سے پہلے خزانچی تھے اوربانیان مظاہرعلوم میں سے ہیں ،اِس وقت دفترمدرسہ قدیم کی جوعمارت ہے اس کا اکثرحصہ حافظ صاحب ؒ کا وقف کردہ ہے ،پھراس شعبہ کی نگرانی اورسربراہی حضرت مولاناعبدالوہا ب صاحبؒ،حضرت مولانااکرام الحسنؒ، حضرت مولاناعبدالمالک صاحبؒ اورمحترم جناب الحاج بابومحمدعبداللہ صاحبؒسے ہوتی ہوئی موجودہ خزانچی جناب مولانامحمدارشا دصاحب پرآرکی ہے۔
اس شعبہ کے تحت اہل خیر حضرات کی جانب سے آمدہ رقومات وغلہ جات کا اندارج اور اس کی حفاظت کے لوازمات نیز صحیح مصارف میں اس کا استعمال ،فراہمی سرمایہ کیلئے سفراء کا انتظام اور تقسیم تنخواہ وغیرہ کے اہم امور انجام پاتے ہیں ۔
اس وقت کئی افرادمختلف مفوضہ امورکی انجام دہی میں مصروف ہیں۔